La historia de La Almunia de Doña Godina como población comienza en el siglo XII, cuando una rica propietaria de la población medieval de Cabañas -Doña Godo de Foces, conocida popularmente como Doña Godina- donó una almunia o huerta a la orden de San Juan de Jerusalén para que instalasen en ella su hospital. Uno de los principales propietarios de esa almunia era Blasco Blázquez, segundo marido de Goda de Foces. Blasco Blázquez hizo entrega de sus tierras y bienes, con la reserva del usufructo vitalicio a favor de su viuda, a la Orden de los Hospitalarios de San Juan de Jerusalén.

En 1176 doña Godina, ya muerto Blasco Blázquez, firmaba un documento concediendo a la iglesia de Santa María y San Juan, en La Almunia, unas casas en la misma localidad y un molino en el término de Ricla, para el culto y la iluminación de la iglesia. Poco tiempo después, La Almunia pasó a la Orden de San Juan, cuyo castellán de Amposta, Pedro López de Luna, la organizó mediante carta de población del año 1178. Había, al menos, una iglesia, sin duda románica, ubicada en el solar que ocupa la actual, y una casa-fortaleza, en el solar del palacio de San Juan, en la que vivían los caballeros de la Orden de San Juan de Jerusalén. A partir de ese momento comienza a expandirse la población alrededor del hospital -hoy casa de Cultura- y la iglesia de Santa María. La Almunia fue ganando importancia frente a Cabañas que terminaría por despoblarse en el siglo XV o XVI y de cuya población sólo permanece como testigo de su esplendor la ermita de Cabañas.

Sin embargo, la historia de la localidad no empieza en el siglo XII; en el mismo lugar que hoy ocupa el casco urbano se han hallado restos de alguna villa romana -mosaicos, estructura y cerámica conservados en el museo de Zaragoza- y un vertedero, lo que remonta el poblamiento siglos atrás. En las inmediaciones de la localidad se ubica la ciudad celtibérica de Nertóbriga, algunos de cuyos restos se han identificado en una amplia área entre La Almunia y Calatorao.